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剑湖位于我国西部候鸟迁徙的通道上,既是候鸟迁徙过境时的集结点和停歇地,又是迁徙水禽的越冬栖息地。不仅如此,剑湖湿地是一个物种丰富度较高,生活型较齐全,多样性较明显的高原淡水湖泊,仅水生维管束植物区系就有26科45属59种,其他动物如鸟类16目42科94属149种,约占云南省鸟类种数(810种)的18.4%,占全国鸟类总数约11.9%;鱼类5目7科22种;两栖动物1目7科4亚科13属13种;昆虫10目49科117种;爬行类动物1目4科16种。在众多的物种多样性中,有许多是云南高原湿地或当地的特有种,诸如云南高原湖泊所特有的单子叶植物水鳖科的海菜花(Ottelia acumianta);光唇裂腹鱼(Schizothorax lissola-biatus)、云南裂腹鱼(S. yunnanensis)、后背鲈鲤(Percocypris pingi-retrodorslis)和剑湖高原鳅(Triplophysa jianhuensis)4种为云南特有;剑湖高原鳅是八十年代才发现的新种,为剑湖特有。 剑湖湿地植被有8个植被型19个群系25个群落。剑湖所在地剑川是模式标本重要产地,初步统计,在剑川采集的模式标本有14种(亚种、变种)隶属13科。 保护好剑湖、剑湖周围的森林植被以及玉华水库等湿地、水域,为候鸟提供一个安全有保障、自然环境优越、食源丰富的理想停歇地和顺利越冬的栖息环境,将对云南鸟类多样性保护起到十分重要的作用。

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